Работу над оперой Мусоргский начал в октябре 1868 года, используя для написания либретто текст Пушкина и материалы «Истории государства Российского» Н. М. Карамзина. Тема — период правления царя Бориса Годунова, перед началом «Смутного времени». Опера отражает отношения царя и народа, представляя их в качестве главных действующих лиц.
Мусоргский писал: «Я разумею народ как великую личность, одушевлённую единой идеей. Это моя задача. Я попытался решить её в опере».
Опера была завершена в конце 1869 года и представлена в Дирекцию императорских театров. Театральный комитет не принял её к постановке, объяснив решение отсутствием выигрышной женской роли. После отказа Мусоргский внёс ряд изменений, в частности, ввёл «польский» акт с любовной линией Лжедмитрий — Марина Мнишек, а также добавил эффектный финал — монументальную сцену народного восстания под Кромами.
Широко известная ныне опера публикой 19 века была встречена откровенно плохо. И через 8 лет её снимают их репертуара театра. Позже, соратник Мусоргского по «Могучей кучке», - Николай Андреевич Римский-Корсаков сделал редакцию этой оперы, в которой были сглажены многие шероховатости музыкального текста Мусоргского. Позже собственные редакции музыки оперы создавали Ламм—Б. В. Асафьев (1928) и Дмитрий Шостакович (1940). Однако редакция Римского-Корсакова оперы «Борис Годунов» исполняется чаще других.
Среди известных певцов, исполнявших партии оперы - Федор Шаляпин, Леонид Собинов, Мария Максакова, Ирина Архипова, Галина Вишневская, Елена Образцова, Евгений Нестеренко, Александр Ведерников, Ольга Бородина и многие другие.
Плач Юродивого, гениально исполненный Иваном Козловским является одним из интереснейших эпизодов. Так начинается 4 действие оперы: Москва, площадь перед собором Василия Блаженного. Собравшийся здесь народ обсуждает слухи о приближении войска Самозванца и надеется на скорое избавление от Борисова произвола. Вбегает Юродивый, за ним — толпа мальчишек. Они дразнят и доводят его до слёз. Юродивый жалуется царю на мальчишек: «Вели-ка их зарезать, как ты зарезал маленького царевича». Борис останавливает бросившуюся к Юродивому стражу и просит помолиться за него. «Нельзя молиться за царя-Ирода, Богородица не велит» — ответ Юродивого.