В 1960 году окончил Краснодарское музыкально-педагогическое училище; в 1967 году – Новосибирскую государственную консерваторию им. М.И. Глинки.
Позднее – аспирантуру Государственного музыкально-педагогического института имени Гнесиных (ныне Российская академия музыки имени Гнесиных). Доктор искусствоведения.
В 1964-1974 годах Виктор Захарченко работал главным хормейстером Государственного Сибирского русского народного хора.
С 1974 года — художественный руководитель Государственного академического Кубанского казачьего хора. Хор кубанских казаков под руководством Виктора Захарченко неоднократно становился лауреатом всероссийских и международных конкурсов и фестивалей; удостоен почетного звания "академический" и награжден орденом Дружбы народов.
В 1990 году Виктор Захарченко создал Центр народной культуры Кубани и студию народного искусства, на базе которой в 1992 году была открыта школа народного искусства при Государственном академическом Кубанском казачьем хоре.
Виктор Захарченко также является основателем факультета народной культуры Краснодарского государственного института культуры. В настоящее время он – декан факультета, профессор.
Виктор Захарченко – автор множества научных книг по этнической музыке, собиратель фольклора, уникальный знаток-специалист, владеющий самой современной методологией, дешифровавший тысячи народных песен Кубани и Сибири, автор более 600 вокальных произведений, в том числе музыки к гимну Краснодара (на слова кубанского поэта Сергея Хохлова).
Виктор Захарченко ведет активную общественную деятельность. Входит в состав Совета по государственной культурной политике при Совете Федерации Федерального собрания РФ.
Виктор Захарченко имеет множество наград и премий, в том числе: орден "Знак Почета" (1981), орден Трудового Красного Знамени (1987), Орден Дружбы (1998), медаль "Герой труда Кубани" (2002), орден "За заслуги перед Отечеством" IV (2004) и III степеней (2009). Лауреат Государственной премии России (1991), премии Фонда Андрея Первозванного (1999). Заслуженный деятель искусств Российской Федерации (1997) и Республики Адыгея (1998). Народный артист России (1984) и Украины (1994).
Женат, воспитал троих дочерей.